自治区纪律检查委员会机关、监察厅内设15个职能厅、室和机关党委。

(一)办公厅

    协助委(厅)领导处理机关日常工作，协调机关政务工作；负责会议组织、综合性材料的起草和机关文秘、档案、机要、调研、信息、督查、安全保卫、保密等工作；负责全区纪检、监察案件的综合、分析、统计和档案管理工作；负责机关行政管理工作。办公厅下设2个处：秘书处、行政处。

(二)监察综合室

    负责研究、综合行政监察工作情况和处理日常行政监察事务；负责起草行政监察工作的有关文件、材料；负责以监察厅或厅办公室名义对外联系；督促检查厅长办公会决定事项的落实，负责厅特邀监察员有关工作；对反腐败抓源头工作进行政策调研和组织协调；对全区监察综合工作进行业务指导

(三)政策法规研究室

    围绕纪检、监察工作中心任务，组织重大课题的调查研究，进行纪检监察理论研究；研究起草全区党的纪律检查和行政监察规范性文件，参与或配合有关机关制订有关党内和行政法规、规章；指导全区纪检、监察调研和政策法规工作；指导监察学会的工作。

(四)执法监察室

    负责监察行政机关贯彻执行党的路线、方针、政策、国家法律、法规和决定、命令情况；组织开展重要的执法监察活动；参与政府及有关部门开展的执法检查活动和重大责任事故的调查处理工作。