1925年3月12日，孙中山先生在北京与世长辞，举国悲痛。国民政府旋即成立了葬事筹备委员会，负责先生的葬事工作，并选墓址于紫金山。1929年6月1日举行了奉安大典，将中山先生的遗体由北京迁葬于南京中山陵。1929年7月1日，国民政府组织总理陵园管理委员会。葬事筹委会是日撤消，一切经手事项移交总理陵管会办理。

    总理陵园管理委员会直隶于国民政府。其职责是：
    护卫陵墓；
    管理陵园；
    办理陵墓工程及陵园建设；
    办理陵园农林事业；
    指导陵园内新村之建设。
    委员会议决各案，交由常务委员会执行。

    抗日战争开始，南京沦陷前，总理陵园管理委员会随国民政府迁移重庆，会址设在重庆南温泉虎啸口青年会内。机构大为缩减，原有业务停顿，仅留少数职员负责保管基金及重要公物、档案。

    1942年（民国31年）汪伪政权成立“国父陵园管理委员会”，此机构仅存2年多。

    1945年8月15日，日本宣布无条件投降。8月27日，总理陵园管理委员会作出回迁计划，并先派两名职员到南京，接收陵园房屋及其它财产。
    1946年7月，国民政府将已有17年历史的“总理陵园管理委员会”改组为“国父陵园管理委员会”。

    1949年4月23日南京解放。4月24日清晨，解放军第二野战军第35军105师师长刘志诚率部进驻国父陵园梅花山园林处保护陵园。4月28日，南京军事管制委员会成立。5月10日，南京市人民政府成立。5月11日，军管会发出保护中山陵园的布告：“...为严密保护孙中山先生陵园起见，无论军民人等，前来游览，不得损伤一草一木，违者严惩不贷...”

    解放后，中山陵园的管理机构在隶属关系和名称上屡有变更，现在陵园管理机构为“中山陵园管理局”，为南京市政府直属事业单位。
1998年10月 1日，经南京市十二届人大常委会第二次会议审议制定，江苏省九届人大常委会第四次会议批准，《南京市中山陵园风景区管理条例》正式施行。这是一部系统的、全面的保护和管理陵园的法规。