水资源有河川径流（地表水），地下水资源及黄河过境水组成。多年平坦针表水资源量为6.9亿立方米，保证率50%、75%、95%地表水年总量分加别为5.49亿立方米、3.74亿立方米和2.54亿立方米。地下水年总补给量为8.69亿立方米，地下水年可开采量5.8亿立方米。人均水资源占有量仅为625立方米，分别为全国、全区人均水资源占有量的28%、29.6%。
    水资源极其匮乏，目前城区日缺水8万立方米，城区地下水严重超采，城区及近郊200平方公里范围内浅层水几乎疏干，深层水降落漏斗面积已超过500平方公里，平均每年下降1.6米，漏斗中心下九深达53米。由于大量开采地下水，引起补给区环境地质和水文地质条件的变化，造成地下深层承压水补给量有逐年减少的趋势。为了长期解决城市用水问题，已开始实施引黄工程。
    黄河在境内全长190.5公里，多年平均过境黄河径流量为248.2亿立方米，保证率为50%75%时径流量分别为243.2亿立方米和203.5亿立方米。水利部黄河水利委员会分配给内蒙古自治区58.6亿立方米的水量中批准给呼和浩特市引黄代水工程2.2亿立方米，给新建托克托电厂供水0.8亿立方米，给市黄河灌区2.2亿立方米。由于引黄灌区面积的扩大，城市生活和工业用水的大幅度增加，大大低于所用需量。为此呼市已申请增加引黄水量指标。已争取有力的节水和污废水处理回用等措施。